Rapid detection of rifampicin resistance in sputum and biopsy specimens from tuberculosis patients by PCR and line probe assay

Setting:
Multidrug resistant Mycobacterium tuberculosis strains are threatening TB control in the world. Rapid diagnosis of resistance is essential for adequate treatment and optimal control of the disease.
Objective:
Evaluation of a new technique (Line Probe Assay, LiPA) for easy and rapid detection of Rifampicin resistance (RMPR) of M. tuberculosis.
Design:
After amplification of the region of the RNA polymerase, involved in RMPR, the amplified product is hybridized with a set of 10 oligonucleotides immobilized onto a membrane strip. From the pattern obtained the presence or absence of RMPR M. tuberculosis can be assessed. 67 clinical samples positive in culture for M. tuberculosis were analyzed with LiPA and results were compared with classical susceptibility testing.
Results:
In vitro drug sensitivity testing identified 46 rifampicin sensitive and 21 resistant strains. In 65 of the 67 specimens LiPA results matched classical testing. In two RMPR cases LiPA showed a sensitive pattern.
Conclusion:
In contrast to culture and sensitivity testing, where results take on average 6 weeks, LiPA testing is an easy and rapid (< 48 h) method of detecting RMPR M. tuberculosis in clinical samples. Results correlated in 97% of the samples. In the two RMPR samples with a sensitive LiPA pattern another mechanism of resistance is suspected.

Résumé
Cadre:
Les souches de Mycobacterium tuberculosis multirésistantes aux antibiotiques constituent une menace pour la lutte antituberculeuse dans le monde. Le diagnostic rapide de la résistance est nécessaire pour un traitement adéquat et pour une meilleure maîtrise de la maladie.
Objet:
Evaluation d'une nouvelle technique (Line Probe Assay, LiPA) pour la détection facile et rapide de la résistance de M. tuberculosis à la rifampicine (RMPR).
Schéma:
Après amplification de la région del ARN polymerase limpliquée dans la RMPR, le produit amplifié est hybridé avec un groupe de 10 oligonucléotides fixés sur une bande de membrane. A partir de la réaction obtenue, la présence ou l'absence de RMPR M. tuberculosis peut être évaluée. 67 échantillons cliniques, positifs en culture pour M. tuberculosis, ont été analysés avec LiPA et les résultats ont été comparés avec ceux d'un test de sensibilité classique.
Résultats:
Des tests in vitro de sensibilité aux drogues ont identifié 46 souches sensibles et 21 résistantes à la rifampicine. Pour 65 des 67 échantillons les résultats du LiPA ont été compatibles avec ceux du test classique. Pour deux cas de RMPR le LiPA a montré une sensibilité.
Conclusion:
Par comparaison avec la culture et le test de sensibilité, où il faut en moyenne 6 semaines pour obtenir les résultats, le test LiPA est une méthode facile et rapide (< 48 h) pour la détection de RMPR M. tuberculosis dans des échantillon cliniques. Les résultats étaient compatibles pour 97% des échantillons. Pour les deux échantillons RMPR avec une réaction LiPA sensible, un autre mécanisme de résistance est soupçonné.

Resumen
Marco de referencia:
Las cepas de Mycobacterium tuberculosis multi-resistentes a los antibióticos constituyen una amenaza para el control de la tuberculosis en el mundo. El diagnóstico rápido de la resistencia es esencial para el tratamiento adecuado y un control óptimo de la enfermedad.
Objetivo:
Evaluación de una nueva técnica (Line Probe Assay, LiPA) para la detección fácil y rápida de la resistencia de M. tuberculosis a la rifampicina (RMPR).
Método:
Después de amplificación de la región de ARN polimerase involucrada en la RMPR, el producto amplificado es hibridado con un grupo de 10 oligonucleótidos fijados sobre una banda de membrana. A partir del perfil obtenido se puede evaluar la presencia o ausencia de M. tuberculosis RMPR. Se analizaron con LiPA, 67 muestras clínicas positivas para M. tuberculosis al cultivo y los resultados fueron comparados con los de un test clásico de sensibilidad.
Resultados:
Con los tests in vitro de sensibilidad a los antibióticos se identificaron 46 cepas sensibles y 21 resistentes a la rifampicina. En 65 de las 67 muestras los resultados del método LiPA fueron compatibles con los del test clásico. En dos casos de RMPR, LiPA mostró un perfil de sensibilidad.
Conclusión:
En comparación con el cultivo y el test de sensibilidad clásico, cuyos resultados requieren un promedio de 6 semanas, el test LiPA es un método fácil y rápido (< 48 horas) para la detección de M. tuberculosis RMPR en las muestras clínicas. Los resultados fueron compatibles para el 97% de las muestras. Para las dos muestras RMPR con reacción LiPA sensible, se sospecha otro mecanismo de resistencia.